Eine Koloskopie dient hauptsächlich dazu, die Struktur und das Aussehen des Dickdarms zu untersuchen, um Anomalien wie Polypen, Entzündungen, Geschwüre oder Tumore zu erkennen. Die Darmflora, also die Mikroorganismen, die im Darm leben, kann dabei nicht direkt beurteilt werden. Um die Zusammensetzung der Darmflora zu analysieren, sind spezielle mikrobiologische Tests erforderlich, wie z.B. Stuhlprobenanalysen.