Methoden zum Nachweis von Kopiezahlvarianten?

Antwort

Kopiezahlvarianten (Copy Number Variations, CNVs) sind strukturelle Variationen im Genom, bei denen bestimmte DNA-Abschnitte in unterschiedlicher Anzahl vorliegen. Es gibt verschiedene Methoden, um CNVs nachzuweisen: 1. **Array-basierte Methoden:** - **Array Comparative Genomic Hybridization (aCGH):** Diese Methode vergleicht die DNA eines Patienten mit einer Referenz-DNA, um Unterschiede in der Kopienzahl zu identifizieren. - **Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Arrays:** Diese Arrays können sowohl SNPs als auch CNVs detektieren, indem sie die Intensitätssignale der Hybridisierung analysieren. 2. **Sequenzierungsbasierte Methoden:** - **Next-Generation Sequencing (NGS):** Durch die Analyse der Sequenzierungsdaten können CNVs durch Unterschiede in der Sequenzabdeckung (Read Depth) identifiziert werden. - **Whole-Genome Sequencing (WGS):** Diese umfassende Methode ermöglicht die Detektion von CNVs im gesamten Genom. - **Whole-Exome Sequencing (WES):** Diese Methode konzentriert sich auf die kodierenden Regionen des Genoms und kann CNVs in diesen Bereichen identifizieren. 3. **PCR-basierte Methoden:** - **Quantitative PCR (qPCR):** Diese Methode quantifiziert die DNA-Menge in spezifischen Genomregionen und kann Unterschiede in der Kopienzahl aufdecken. - **Digital Droplet PCR (ddPCR):** Eine präzisere Methode, die einzelne DNA-Moleküle quantifiziert und somit CNVs sehr genau nachweisen kann. 4. **Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (FISH):** Diese Methode verwendet fluoreszenzmarkierte DNA-Sonden, um spezifische DNA-Regionen in Chromosomen zu markieren und Unterschiede in der Kopienzahl zu visualisieren. 5. **Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA):** Diese Methode verwendet Sonden, die an spezifische DNA-Regionen binden und anschließend amplifiziert werden, um Unterschiede in der Kopienzahl zu detektieren. Jede dieser Methoden hat ihre eigenen Vor- und Nachteile, und die Wahl der Methode hängt von den spezifischen Anforderungen der Untersuchung ab.

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