Elektronenmikroskopische Bilder sind in der Regel nicht farbig, weil Elektronenmikroskope Elektronenstrahlen anstelle von Licht verwenden, um Objekte zu beleuchten. Diese Elektronenstrahlen erzeugen Bilder durch Wechselwirkungen mit dem Material der Probe, wobei Informationen über die Struktur und die chemische Zusammensetzung gewonnen werden. Da Elektronenmikroskope im Vakuum arbeiten und die erzeugten Bilder auf einem Detektor oder einer Filmoberfläche aufgezeichnet werden, fehlt die Farbinformation, die bei der Lichtmikroskopie durch die Wellenlängen des sichtbaren Lichts erzeugt wird. Um Farbbilder zu erhalten, müssen die Bilder oft nachträglich gefärbt oder digital bearbeitet werden, um verschiedene Strukturen oder Materialien hervorzuheben.