Wissenschaftler glaubten lange, dass im Magen keine Mikroorganismen überleben können, hauptsächlich aufgrund der extremen Bedingungen, die dort herrschen. Der Magen hat einen sehr niedrigen pH-Wert, der durch die Produktion von Salzsäure (HCl) entsteht. Dieser saure Milieu wurde als feindlich für die meisten Mikroben angesehen, da viele Bakterien und andere Mikroorganismen in sauren Umgebungen nicht überleben können. Zusätzlich wurde angenommen, dass die Hauptfunktion des Magens darin besteht, Nahrung zu zersetzen und Krankheitserreger abzutöten, was die Vorstellung verstärkte, dass Mikroben im Magen nicht existieren können. Erst mit der Entdeckung von bestimmten Bakterien, wie Helicobacter pylori, die sich an die Magenwand anheften und in der Lage sind, in diesem extremen Milieu zu überleben, wurde das Bild revidiert. Diese Entdeckung hat das Verständnis der Magenmikrobiota und deren Rolle für die Gesundheit erheblich erweitert.