Homo naledi lebte vermutlich in Südafrika, genauer gesagt in der Region des heutigen "Rising Star"-Höhlensystems im Cradle of Humankind, einem UNESCO-Weltkulturerbe. Diese Region ist bekannt für ihre zahlreichen homininen Fossilienfunde. Die Höhlen, in denen die Überreste von Homo naledi entdeckt wurden, deuten darauf hin, dass diese Art möglicherweise Höhlen als Schutzräume nutzte.