Die intoleranteste Zeit Spaniens wird oft mit der Ära der Spanischen Inquisition in Verbindung gebracht, die von 1478 bis 1834 dauerte. Diese Periode war geprägt von religiöser Intoleranz, Verfolgung und Unterdrückung, insbesondere gegen Juden, Muslime und später auch Protestanten. Die Inquisition zielte darauf ab, Ketzer zu identifizieren und zu bestrafen, was zu zahlreichen Hinrichtungen und Vertreibungen führte. Die Vertreibung der Juden im Jahr 1492 und der Muslime im Jahr 1502 sind markante Beispiele für die religiöse Intoleranz dieser Zeit.