Papier-Chromatografie trennt Substanzen basierend auf ihrer unterschiedlichen Affinität zu einer stationären Phase (dem Papier) und einer mobilen Phase (dem Lösungsmittel). Die Trennung erfolgt durch die Wechselwirkungen der Moleküle mit diesen Phasen. Substanzen, die stärker an das Papier gebunden sind, bewegen sich langsamer, während solche, die besser im Lösungsmittel löslich sind, schneller wandern. Dies führt zu einer Trennung der Komponenten, die auf dem Papier sichtbar gemacht werden kann.