Ionenchromatographie wird hauptsächlich zur Trennung von Ionen und kleinen Molekülen verwendet, nicht jedoch zur Trennung von Proteinen. Für die Trennung von Proteinen sind Methoden wie Gel-Elektrophorese, Affinitätschromatographie oder Größenausschlusschromatographie besser geeignet. Ionenchromatographie könnte theoretisch für bestimmte Anwendungen in der Analyse von Protein-Ionen oder deren Abbauprodukten eingesetzt werden, ist jedoch nicht die gängige Methode zur Proteintrennung.