Isomaltose ist ein Disaccharid, das aus zwei Glucosemolekülen besteht. Die glykosidische Verbindung in Isomaltose ist eine α-1,6-glykosidische Bindung. Das bedeutet, dass das erste Glucosemolekül über das Kohlenstoffatom 1 (C1) in der α-Konfiguration mit dem Kohlenstoffatom 6 (C6) des zweiten Glucosemoleküls verbunden ist.