Gaschromatographie ist in der Regel nicht die bevorzugte Methode zur Trennung von Proteinen, da diese oft thermisch instabil sind und sich bei den hohen Temperaturen, die in der Gaschromatographie verwendet werden, zersetzen können. Stattdessen werden für die Trennung von Proteinen häufig Methoden wie Flüssigkeitschromatographie (z. B. HPLC) oder Elektrophorese eingesetzt. Es gibt jedoch spezielle Techniken, wie die Verwendung von Derivatisierung, bei denen Proteine in flüchtige Verbindungen umgewandelt werden, die dann mittels Gaschromatographie analysiert werden können. Diese Verfahren sind jedoch komplex und nicht so gebräuchlich wie andere Methoden zur Proteintrennung.