Die RNA-Polymerase II liest den Matrizenstrang der DNA in 3'-zu-5'-Richtung. Während dieses Prozesses synthetisiert sie die komplementäre RNA in 5'-zu-3'-Richtung. Dies bedeutet, dass die RNA-Polymerase II entlang des Matrizenstrangs wandert und dabei Nukleotide hinzufügt, die komplementär zu den Nukleotiden des Matrizenstrangs sind, um die mRNA zu bilden.