Das "N" in "Histon-Lysin-N-Methyltransferase" steht für die Position des Stickstoffatoms (N) in der Aminosäure Lysin, an dem die Methylierung stattfindet. In diesem Fall bezieht sich "N-Methyltransferase" darauf, dass eine Methylgruppe auf das Stickstoffatom der Aminogruppe des Lysins übertragen wird.