Die Polarität von Sertralin HCl selbst ändert sich nicht, wenn es durch eine C18-Säule (eine umgekehrte Phase-HPLC-Säule) läuft. Was sich ändert, ist die Wechselwirkung des Moleküls mit der stationären Phase der Säule und der mobilen Phase (dem Lösungsmittel). In einer C18-Säule, die eine unpolare stationäre Phase hat, wird Sertralin HCl, das relativ polar ist, weniger stark an die Säule binden und schneller eluieren, wenn die mobile Phase polar ist. Die Polarität des Analyten bleibt jedoch konstant; es sind die Wechselwirkungen mit der Säule und der mobilen Phase, die das Retentionsverhalten beeinflussen.