In der Proteomik gibt es zwei Hauptmethoden: zielgerichtete (targeted) und nicht gerichtete (untargeted) Proteomik. 1. **Zielgerichtete Proteomik (Targeted Proteomics)**: - **Methode**: Häufig wird die Multiple Reaction Monitoring (MRM) oder Reaction Monitoring (PRM) verwendet. - **Anwendung**: Diese Methode wird verwendet, um spezifische Proteine oder Peptide in einer Probe zu quantifizieren. Sie ist besonders nützlich, wenn man bereits bekannte Proteine in verschiedenen Proben vergleichen möchte. - **Vorteile**: Hohe Sensitivität und Spezifität, geeignet für die Validierung von Biomarkern. 2. **Nicht gerichtete Proteomik (Untargeted Proteomics)**: - **Methode**: Meistens wird die Shotgun-Proteomik verwendet, die auf Massenspektrometrie basiert. - **Anwendung**: Diese Methode wird verwendet, um das gesamte Proteom einer Probe zu analysieren, ohne vorherige Kenntnis darüber, welche Proteine vorhanden sind. - **Vorteile**: Ermöglicht die Entdeckung neuer Proteine und Biomarker, umfassende Analyse des Proteoms. Die Wahl der Methode hängt von den spezifischen Zielen der Forschung ab. Wenn es darum geht, neue Proteine zu entdecken oder ein umfassendes Bild des Proteoms zu erhalten, ist die nicht gerichtete Proteomik geeignet. Wenn hingegen spezifische Proteine quantifiziert oder validiert werden sollen, ist die zielgerichtete Proteomik die bessere Wahl.