Der gezielte Anbau von Energiepflanzen für Biogasanlagen kann die Klimabilanz verschlech, da dieser oft einem hohen Einsatz vonüngemitteln und Pestiziden verbunden ist, was zu erhöhten Treibhausgasemissionen führt. Zudem kann die Umwandlung von landwirtschaftlichen Flächen in Monokulturen die Biodiversität verringern und den Bodenabbau fördern, was langfristig negative Auswirkungen auf das Ökosystem hat. Schließlich kann der Anbau von Energiepflanzen in Konkurrenz zur Nahrungsmittelproduktion stehen, was zu einer Erhöhung der Nahrungsmittelpreise und damit zu sozialen und ökologischen Problemen führen kann.