Flusspferde gehören nicht zu den Walen, sind jedoch mit ihnen verwandt. Beide Gruppen, die Flusspferde (Hippopotamidae) und die Wale (Cetacea), stammen von einem gemeinsamen Vorfahren ab, der vor Millionen von Jahren lebte. Genetische Studien zeigen, dass Flusspferde und Wale näher miteinander verwandt sind als mit anderen Säugetieren wie Rindern oder Schafen. Diese Verwandtschaft ist ein Beispiel für die evolutionäre Entwicklung von Säugetieren, die sich an unterschiedliche Lebensräume angepasst haben.