In der Regel ist es nicht möglich, die Null-Hypothese zu beweisen, auch nicht durch einen Permutationstest. Ein Permutationstest kann verwendet werden, um die Null-Hypothese zu testen, indem er die Verteilung eines Teststatistikums unter der Annahme der Null-Hypothese simuliert. Wenn das beobachtete Teststatistikum extrem im Vergleich zu dieser Verteilung ist, kann die Null-Hypothese abgelehnt werden. Allerdings bedeutet das Nicht-Ablehnen der Null-Hypothese nicht, dass sie bewiesen ist; es bedeutet lediglich, dass es nicht genügend Beweise gibt, um sie abzulehnen.