Beim vollautomatischen CIP-Verfahren (Cleaning in Place) birgt die Variante der "Single-Use" oder "Einweg"-Reinigung die geringste Gefahr einer Kreuzkontamination, da frische Reinigungs- und Spüllösungen verwendet werden und keine Rückführung von Reinigungsmitteln stattfindet. Die Gefahr einer Kreuzkontamination ist höher bei der "Mehrweg"-Reinigung, bei der Reinigungs- und Spüllösungen wiederverwendet werden. Hier besteht das Risiko, dass Verunreinigungen aus einem Reinigungsvorgang in den nächsten übertragen werden, wenn die Rückführungssysteme nicht ordnungsgemäß gereinigt oder desinfiziert werden.