Ein häufig diskutiertes Problem mit den Spezialisten in der EU-Kommission ist die sogenannte "Revolving Door"-Problematik. Dabei handelt es sich um den Wechsel von hochrangigen Beamten und Kommissionsmitgliedern in die Privatwirtschaft und umgekehrt. Dies kann zu Interessenkonflikten führen, da ehemalige Beamte möglicherweise Entscheidungen zugunsten ihrer zukünftigen Arbeitgeber treffen könnten oder umgekehrt. Ein weiteres Problem ist die oft kritisierte Intransparenz bei der Ernennung von Spezialisten und Beratern. Kritiker bemängeln, dass der Auswahlprozess nicht immer klar und nachvollziehbar ist, was zu Bedenken hinsichtlich der Unabhängigkeit und Objektivität der Experten führen kann. Zusätzlich gibt es Bedenken hinsichtlich der Vielfalt und Repräsentativität der Spezialisten. Es wird argumentiert, dass bestimmte Fachgebiete oder Interessen überrepräsentiert sein könnten, während andere unterrepräsentiert sind, was zu einer unausgewogenen Beratung und Entscheidungsfindung führen könnte. Diese Probleme werden regelmäßig von verschiedenen Interessengruppen und Organisationen thematisiert, die mehr Transparenz, strengere Regeln und eine ausgewogenere Repräsentation fordern.