Ein Contra-Argument zur europäischen Verteidigungsunion könnte sein, dass eine solche Union die nationale Souveränität der Mitgliedstaaten gefährden könnte. Viele Länder befürchten, dass sie ihre militärischen Entscheidungen und Strategien an eine zentrale europäische Instanz abgeben müssten, was zu einer Einschränkung ihrer eigenen Verteidigungsautonomie führen könnte. Dies könnte insbesondere in Krisensituationen problematisch sein, wenn schnelle und unabhängige Entscheidungen erforderlich sind.