Die Magensonde wird anatomisch in den oberen Teil des Magen-Darm-Trakts eingeführt. Sie verläuft durch die Nase oder den Mund, durch die Speiseröhre (Ösophagus) und gelangt dann in den Magen. Die genaue Lage der Magensonde im Magen kann variieren, je nachdem, wie weit sie eingeführt wird, typischerweise liegt sie jedoch im oberen Magenbereich, oft im Fundus oder im Korpus des Magens.