Bei der Abstoßung einesplantates wird in der Mikrobiologie vor allem auf das Vorhandensein von Mikroben, insbesondere von Bakterien und Pilzen, geachtet, die Infektionen verursachen können. Zudem wird die Immunantwort des Körpers auf das Transplantat untersucht, da diese oft durch das Vorhandensein von spezifischen Antikörpern und T-Zellen charakterisiert ist. Eine mikrobielle Analyse kann helfen, Infektionen frühzeitig zu erkennen und zu behandeln, während immunologische Tests Aufschluss über die Abstoßungsreaktion geben.