Chlamydien haben keine Pathogenitätsinseln, weil sie eine andere Strategie zur Pathogenität und zum Überleben in Wirtszellen entwickelt haben. Pathogenitätsinseln sind genetische Elemente, die bei vielen Bakterien vorkommen und Gene enthalten, die für die Virulenz und das Überleben in Wirtsorganismen wichtig sind. Diese Inseln können durch horizontale Genübertragung zwischen Bakterien ausgetauscht werden. Chlamydien hingegen sind obligat intrazelluläre Bakterien, die sich ausschließlich innerhalb von Wirtszellen vermehren. Sie haben einen stark reduzierten Genomumfang und sind auf die Ressourcen und Mechanismen der Wirtszelle angewiesen. Ihre Pathogenitätsfaktoren sind in ihrem kompakten Genom integriert und nicht auf separaten genetischen Inseln organisiert. Diese Faktoren sind oft in Form von Effektorproteinen vorhanden, die durch ein Typ-III-Sekretionssystem in die Wirtszelle injiziert werden, um die Zellfunktionen zu manipulieren und die bakterielle Replikation zu unterstützen. Die Evolution von Chlamydien hat dazu geführt, dass sie ihre Pathogenitätsfaktoren in ihrem kleinen, spezialisierten Genom kodieren, anstatt auf größere, mobile genetische Elemente wie Pathogenitätsinseln zurückzugreifen.