Das histologische Korrelat der Blut-Liquor-Schranke ist das Ependym, das die Ventrikel des Gehirns und den Zentralkanal des Rückenmarks auskleidet. Insbesondere sind es die Tight Junctions (Zonulae occludentes) zwischen den Ependymzellen, die eine Barriere bilden und den Austausch von Substanzen zwischen Blut und Liquor cerebrospinalis regulieren.