Die Alcian-blau-Färbung wird in der Histologie und Pathologie verwendet, um saure Mucopolysaccharide und Glykosaminoglykane in Gewebeproben zu identifizieren. Diese Substanzen kommen häufig in Schleimstoffen und Knorpel vor. Die Färbung ist besonders nützlich, um bestimmte Arten von Mucin in Drüsen und Epithelien zu visualisieren, was bei der Diagnose von Erkrankungen wie Mukoviszidose, bestimmten Tumoren und entzündlichen Erkrankungen hilfreich sein kann.