Das Wappen auf dem Rathaus in Witzenhausen zeigt das Stadtwappen, das in der Regel aus einem roten Schild mit einem silbernen (weißen) Wellenbalken besteht, der von zwei silbernen (weißen) Fischen begleitet wird. Dieses Wappen symbolisiert die Lage der Stadt an der Werra und die Fischerei. Es kann jedoch je nach Kontext und Gestaltung des Rathauses variieren.