Mycoplasma genitalium ist ein sehr kleines Bakterium, das zur Klasse der Mollicutes gehört. Es hat keine Zellwand, was es von vielen anderen Bakterien unterscheidet. Unter dem Mikroskop erscheint es als winzige, oft kugelförmige oder birnenförmige Struktur. Aufgrund seiner geringen Größe und der fehlenden Zellwand ist es schwer zu visualisieren und erfordert spezielle Färbetechniken und hochauflösende Mikroskope, wie Elektronenmikroskope, um detaillierte Bilder zu erhalten.