Der wichtigste Beamte im Freistaat Kongo war der Gouverneur, der die Verwaltung und die politischen Angelegenheiten der Kolonie leitete. Der Freistaat Kongo wurde von König Leopold II. von Belgien als persönliches Eigentum verwaltet, und der Gouverneur hatte weitreichende Befugnisse. Der bekannteste Gouverneur war Henry Morton Stanley, der eine zentrale Rolle bei der Erschließung und Verwaltung des Gebiets spielte.