Eine natürlich vorkommende Substanz, die sich ähnlich wie Benzoylperoxid verhält, ist Wasserstoffperoxid (H₂O₂). Beide Substanzen haben oxidierende Eigenschaften und werden häufig in der Hautpflege zur Behandlung von Akne eingesetzt. Wasserstoffperoxid kann antibakterielle und entzündungshemmende Wirkungen haben, ähnlich wie Benzoylperoxid, das die Poren reinigt und das Wachstum von Akne verursachenden Bakterien hemmt.