Eine Aminosäure ist unpolar, wenn ihre Seitenkette (R-Gruppe) keine stark elektronegativen Atome wie Sauerstoff oder Stickstoff enthält, die Wasserstoffbrückenbindungen mit Wasser eingehen könnten. Unpolare Aminosäuren haben in der Regel Seitenketten, die aus Kohlenwasserstoffen bestehen, wie Alkyl- oder Aromatgruppen. Beispiele für unpolare Aminosäuren sind Glycin, Alanin, Valin, Leucin, Isoleucin, Methionin, Phenylalanin, Tryptophan und Prolin.