Yersinia pestis, der Erreger der Pest, ist ein gramnegatives Bakterium, das typischerweise eine stäbchenförmige Struktur aufweist. Unter dem Mikroskop erscheint es oft als kleine, ovale oder stäbchenförmige Zellen, die in Gruppen oder als Einzelzellen vorkommen können. Die Bakterien sind in der Regel 0,5 bis 0,8 Mikrometer breit und 1 bis 3 Mikrometer lang. Yersinia pestis kann auch in Form von Ketten oder Klumpen auftreten, insbesondere in bestimmten Wachstumsphasen. Bei der Färbung mit der Gram-Färbung erscheinen sie rot, was auf ihre gramnegative Zellwandstruktur hinweist. In speziellen Färbetechniken, wie der Giemsa-Färbung, können sie auch als kleine, blau-violette Stäbchen sichtbar gemacht werden. Zusätzlich können sie in Kulturmedien gezüchtet werden, wo sie typischerweise auf speziellen Nährböden wachsen, die für ihre spezifischen Nährstoffbedürfnisse geeignet sind.