Primer werden hauptsächlich von der Exonuklease abgebaut. Diese Enzyme entfernen Nukleotide von den Enden der DNA-Stränge, einschließlich der Primer, die während der DNA-Replikation oder -Amplifikation hinzugefügt wurden. In vielen Fällen ist die spezifische Exonuklease, die für den Abbau von Primern verantwortlich ist, die Exonuklease I, die 3'-5'-Exonuklease-Aktivität besitzt.