Kryptische Prophagen sind Phagen-DNA, die in das Genom eines Wirtsbakteriums integriert ist, ohne dass der Wirt dabei lysiert wird oder neue Phagenpartikel produziert. Diese Prophagen können inaktiv sein und keine Symptome einer Infektion hervorrufen. Sie können jedoch unter bestimmten Bedingungen reaktiviert werden, was zur Produktion neuer Phagen und zur Lyse des Wirts führen kann. Kryptische Prophagen spielen eine Rolle in der Evolution von Bakterien, da sie Gene übertragen und die genetische Vielfalt erhöhen können.