Wenn während der PCR eine geringe Menge an ddNTPs (dideoxynucleotid-triphosphaten) eingesetzt wird, würde dies die Replikation der DNA beeinflussen. ddNTPs sind Kettenabbrecher, die, wenn sie in die wachsende DNA-Kette eingebaut werden, die weitere Verlängerung der Kette verhindern, da sie keine '-OH-Gruppe besitzen, die für die Anknüpfung des nächsten Nukleotids erforderlich ist. In einem solchen Szenario würde die PCR nicht wie gewohnt ablaufen. Stattdessen könnten einige der amplifizierten DNA-Stränge an zufälligen Stellen abbrechen, was zu einer Mischung aus unterschiedlich langen DNA-Fragmenten führen würde. Diese Fragmente könnten dann für die Sanger-Sequenzierung verwendet werden, da sie die notwendigen Informationen für die Bestimmung der Sequenz liefern, jedoch wäre die Effizienz und die Ausbeute der PCR verringert. Die resultierenden Fragmente würden eine Vielzahl von Längen aufweisen, was die Analyse und Interpretation der Sequenzierungsergebnisse erschweren könnte.