Bei der somatischen Hypermutation finden zufällige Punktmutationen in den Gen statt, die für die variablen Regionen der Antikörper kodieren, insbesondere in den V-Genen (Variable Gene). Diese Mutationen treten hauptsächlich in den Regionen auf, die für die Antigenbindungsstelle verantwortlich sind, nicht jedoch im Fc-Bereich (Fragment crystallizable), der für die Effektor-Funktionen des Antikörpers zuständig ist. Der Fc-Bereich bleibt in der Regel unverändert, da er nicht an der spezifischen Antigenbindung beteiligt ist.