Die Rotation der ATPase, insbesondere der ATP-Synthase, wurde durch verschiedene Experimente nachgewiesen, die die Rolle der protonenmotorischen Kraft (pmf) demonstrieren. Ein berühmtes Experiment stammt von Paul Boyer, der die chemiosmotische Theorie entwickelte, und von John Walker, der die Struktur der ATP-Synthase aufklärte. Ein entscheidendes Experiment zur Bestätigung der Rotation war die Verwendung von fluoreszierenden Markern an den Untereinheiten der ATP-Synthase. Forscher konnten zeigen, dass die ATP-Synthase bei der Hydrolyse von ATP eine mechanische Rotation durchführt, die durch den Protonenfluss durch den F0-Kanal der ATP-Synthase angetrieben wird. Diese Experimente zeigten, dass die Bewegung der Protonen durch die Membran eine Drehbewegung der F1-Einheit der ATP-Synthase bewirkt, was zur Synthese von ATP führt. Das Bakteriorhodopsin ist ein lichtempfindliches Protein, das in der Membran von bestimmten Archaeen vorkommt. Es fungiert als Protonenpumpe, die Lichtenergie nutzt, um Protonen aus dem Inneren der Zelle nach außen zu transportieren. Dieser Protonentransport erzeugt eine protonenmotorische Kraft, die dann von der ATP-Synthase genutzt werden kann, um ATP zu synthetisieren. Bakteriorhodopsin absorbiert Licht und verändert seine Konformation, was zu einem Protonentransport führt. Diese Prozesse sind ein Beispiel dafür, wie Lichtenergie in chemische Energie umgewandelt wird, die für die Zellatmung und andere biochemische Prozesse genutzt werden kann.