Die Entkopplung der Atmungskette, insbesondere in der Mitochondrien, kann durch Protonendiffusion Wärme erzeugen. Normalerweise wird die Energie, die durch den Elektronentransport in der Atmungskette freigesetzt wird, genutzt, um Protonen (H⁺-Ionen) über die innere Mitochondrienmembran in den intermembranären Raum zu pumpen. Dies erzeugt einen Protonengradienten, der als chemiosmotische Energie gespeichert wird. Wenn die Atmungskette jedoch entkoppelt ist, fließen die Protonen nicht durch die ATP-Synthase zurück in die Mitochondrienmatrix, um ATP zu produzieren. Stattdessen diffundieren sie durch spezielle Entkopplungsproteine (wie UCPs - Uncoupling Proteins) zurück in die Matrix. Dieser Prozess führt dazu, dass die Energie, die normalerweise zur Synthese von ATP verwendet wird, in Form von Wärme freigesetzt wird. Die Wärme entsteht durch die kinetische Energie der Protonen, die sich bewegen und mit anderen Molekülen in der Matrix interagieren. Diese zusätzliche Wärmeproduktion ist besonders wichtig in braunem Fettgewebe, wo sie zur Thermogenese beiträgt und hilft, die Körpertemperatur aufrechtzuerhalten.