Plasmid-DNA von E. coli sollte auf einem Agarosegel als klare, gut definierte Banden erscheinen. Diese Banden sind in der Regel: 1. **Supercoiled Form**: Dies ist die häufigste Form von Plasmid-DNA und erscheint als die schnellste und am weitesten oben liegende Bande auf dem Gel. Sie hat eine kompakte Struktur, die es ihr ermöglicht, sich schneller durch das Gel zu bewegen. 2. **Nicked Form**: Wenn die DNA während der Isolation beschädigt wird, kann sie in eine "nicked" Form übergehen, die langsamer wandert als die supercoiled Form und daher etwas weiter unten auf dem Gel erscheint. 3. **Linear Form**: Diese Form entsteht, wenn die Plasmid-DNA vollständig geschnitten wird. Sie wandert langsamer als die supercoiled und nicked Formen und erscheint weiter unten auf dem Gel. Die genaue Position und das Aussehen der Banden können je nach Größe des Plasmids und der Agarosekonzentration variieren. In der Regel wird ein Marker oder eine DNA-Leiter verwendet, um die Größe der Banden zu bestimmen.