Eine Endospore besteht aus mehreren Schichten, typischerweise aus einer inneren Membran, einer dicken Peptidoglykanschicht (Cortex) und einer äußeren Membran. Zusätzlich kann sie von einer weiteren Schicht, dem Exosporium, umgeben sein. Exosporium und Sporangium sind jedoch nicht dasselbe. Das Sporangium ist die Struktur, in der die Endospore gebildet wird, während das Exosporium die äußere Schicht der Endospore selbst ist.