Im Hershey-Chase-Experiment wurde die Farbe von Phosphor und Schwefel durch die Verwendung von radioaktiven Isotopen identifiziert. Phosphor-32 (^32P) wurde verwendet, um die DNA der Bakteriophagen zu markieren, da Phosphor ein Bestandteil der DNA ist. Schwefel-35 (^35S) wurde verwendet, um die Proteine zu markieren, da Schwefel in den Aminosäuren Cystein und Methionin vorkommt, die in Proteinen enthalten sind. Durch die Verwendung dieser spezifischen radioaktiven Isotope konnten die Forscher die DNA und die Proteine der Bakteriophagen in den infizierten Bakterien verfolgen und feststellen, welches Material in die Bakterienzelle eindrang und für die Replikation verantwortlich war. Die unterschiedlichen radioaktiven Marker ermöglichten es, die beiden Moleküle klar zu unterscheiden und die Rolle der DNA als genetisches Material zu bestätigen.