Heterochromatin ist dunkler als Euchromatin. Unter dem Mikroskop erscheint Heterochromatin dichter und stärker gefärbt, da es stärker kondensiert ist und weniger aktiv in der Transkription von Genen. Euchromatin hingegen ist weniger dicht gepackt und erscheint heller, da es aktiver in der Genexpression ist.