Kaffeebohnen enthalten verschiedene Enzyme, die während des Röstprozesses und der Fermentation eine Rolle spielen. Eine wichtige Enzymklasse in Kaffeebohnen sind die Hydrolasen, insbesondere die Proteasen und Lipasen. Diese Enzyme sind an der Abbau von Proteinen und Fetten beteiligt, was zur Entwicklung von Aromen und Geschmacksstoffen beiträgt. Ein weiteres wichtiges Enzym ist die Polyphenoloxidase, die an der Oxidation von Polyphenolen beteiligt ist und die Farbe und den Geschmack des Kaffees beeinflusst.