Ein Endosom entsteht in der Regel durch die Endozytose, bei der die Zellmembran eine Einstülpung bildet und sich um extrazelluläre Materialien schließt. Diese Einstülpung wird oft durch Clathrin-vermittelte Endozytose unterstützt, bei der Clathrin-Käfige an der Innenseite der Zellmembran rekrutiert werden, um Vesikel zu bilden. Die Verschmelzung mehrerer Clathrin-Käfige ist nicht der übliche Mechanismus zur Bildung eines Endosoms. Stattdessen bilden die Clathrin-Käfige zunächst Vesikel, die dann in das Zytoplasma freigesetzt werden. Diese Vesikel können dann mit anderen Vesikeln oder Endosomen fusionieren, um ein reiferes Endosom zu bilden. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass ein Endosom nicht direkt durch die Verschmelzung mehrerer Clathrin-Käfige entsteht, sondern durch die Fusion von Vesikeln, die aus Clathrin-vermittelter Endozytose hervorgehen.