Die Länge einer Gensonde spielt eine entscheidende Rolle für ihre Spezifität, da längere Sonden in der Regel eine höhere Affinität zu ihrem Ziel-DNA- oder RNA-Strang aufweisen. Eine längere Sonde hat mehr Basenpaare, die spezifisch an die Zielsequenz binden können, was die Wahrscheinlichkeit verringert, dass sie an nicht verwandte Sequenzen bindet. Dies führt zu einer höheren Spezifität, da die Sonde weniger wahrscheinlich an ähnliche, aber nicht identische Sequenzen bindet. Kurze Sonden hingegen können leichter an nicht spezifische Stellen binden, was zu unspezifischen Signalen führen kann. Das Waschen bei Southern-Blotting und FISH-Tests ist notwendig, um unspezifische Bindungen zu entfernen. Nach der Hybridisierung, bei der die Sonde an die Zielsequenz bindet, können auch ungebundene oder schwach gebundene Sonden in der Probe verbleiben. Durch das Waschen werden diese unspezifischen Sonden entfernt, was die Hintergrundsignalstärke reduziert und die Signal-zu-Rausch-Verhältnis verbessert. Dies ist entscheidend, um präzise und zuverlässige Ergebnisse zu erhalten, da es sicherstellt, dass nur die spezifisch gebundenen Sonden detektiert werden.