Der Glacier Express fährt auf verschiedenen Höhen, da die Strecke durch Alpen führt. Die höchste Erhebung erreicht der Zug auf etwa 2.033 Metern über dem Meeresspiegel, wenn er den Oberalppass überquert. Die gesamte Strecke bietet beeindruckende Ausblicke und führt durch zahlreiche Tunnel und über Brücken.