In der Mundhöhle gibt es ein komplexes Mikrobiom, das sowohl aerobe als auch anaerobe Bakterien umfasst. Das Verhältnis kann variieren, aber typischerweise sind anaerobe Bakterien in der Mundhöhle zahlreicher als aerobe. Schätzungen zufolge machen anaerobe Bakterien etwa 90% der Gesamtbakterien in der Mundflora aus. Diese anaeroben Bakterien sind oft in den tieferen Bereichen des Zahnfleisches und in Plaque zu finden, wo der Sauerstoffgehalt geringer ist. Aerobe Bakterien hingegen sind häufiger in den oberen Schichten der Mundhöhle anzutreffen, wo mehr Sauerstoff vorhanden ist.