Genetisch gesehen sind Japaner näher mit Chinesen verwandt als mit Filipinos. Dies liegt daran, dass Japaner und Chinesen beide ostasiatische Bevölkerungsgruppen sind und eine längere gemeinsame genetische Geschichte haben. Filipinos hingegen gehören zu den austronesischen Völkern und haben eine andere genetische Abstammung, die stärker mit den Inselbewohnern Südostasiens und Ozeaniens verbunden ist.