In "Danganronpa 2: Goodbye Despair" stirbt Nagito Komaeda während des fünften Kapitels. Sein Tod ist das Ergebnis eines komplexen Plans, den er selbst entwickelt hat, um die anderen Schüler zu testen und die Identität des Verräters in ihrer Gruppe zu enthüllen. Nagito bindet sich selbst an einen Stuhl und arrangiert eine Reihe von Fallen, die letztendlich zu seinem Tod führen. Er legt eine brennbare Flüssigkeit in einem Raum aus und zündet sie an, was eine Explosion verursacht. Dabei wird ein Speer, der an der Decke befestigt ist, ausgelöst und durchbohrt ihn. Die anderen Schüler finden ihn später tot vor. Sein Tod ist ein zentraler Punkt in der Handlung des Spiels und führt zu einer intensiven Untersuchung, um herauszufinden, wer für seinen Tod verantwortlich ist.