2 Fragen zu Bioinformatik

Das Jukes-Cantor-Modell ist ein statistisches Modell, das in der Bioinformatik zur Analyse von DNA-Sequenzen verwendet wird. Es wurde von Thomas Jukes und Charles Cantor in den 1960er Jahren entwickelt und beschreibt die evolutionären Veränderungen von Nukleotidsequenzen. Das Modell geht davon aus, dass alle vier Nukleotide (Adenin, Thymin, Cytosin und Guanin) mit der gleichen Wahrscheinlichkeit mutieren. Es nimmt an, dass Mutationen unabhängig voneinander auftreten und dass die Wahrscheinlichkeit einer Mutation in einem bestimmten Zeitintervall konstant ist. Das Jukes-Cantor-Modell wird häufig in phylogenetischen Analysen verwendet, um die genetische Distanz zwischen verschiedenen Sequenzen zu berechnen und um evolutionäre Bäume zu konstruieren. Es ist besonders nützlich, wenn die Sequenzen eine hohe Ähnlichkeit aufweisen und die Anzahl der Mutationen relativ gering ist. Ein wichtiger Aspekt des Modells ist, dass es eine mathematische Formel zur Berechnung der genetischen Distanz zwischen zwei Sequenzen bereitstellt, die auf der Anzahl der beobachteten Unterschiede basiert.

Ja, das ist korrekt. Der "Percent Ident" (Prozent Identität) in einem BLAST-Ergebnis gibt den Prozentsatz der identischen Positionen in einem High Scoring Pair (HSP) an. Ein HSP ist ein Segmentpaar aus der Abfrage- und der Zielsequenz, das eine hohe Übereinstimmung aufweist.