Die Cis-Bindung bei der Beta-Oxidation von ungesättigten Fettsäuren stellt ein Problem dar, weil die Enzyme, die an der Beta-Oxidation beteiligt sind, in der Regel nur mit trans-Konfigurationen der Doppelbindungen effizient arbeiten können. Bei ungesättigten Fettsäuren mit Cis-Bindungen muss die Struktur der Fettsäure zuerst umgewandelt werden, um die Beta-Oxidation fortzusetzen. Dies geschieht durch spezielle Enzyme, wie die Isomerase, die die Cis-Bindung in eine trans-Bindung umwandelt, bevor die Beta-Oxidation fortgesetzt werden kann. Im Vergleich dazu haben ungerade Fettsäuren, die eine ungerade Anzahl von Kohlenstoffatomen besitzen, eine andere Beta-Oxidationsdynamik. Bei ungeraden Fettsäuren entsteht während der Beta-Oxidation Propionyl-CoA, das in den Citratzyklus oder zur Gluconeogenese umgewandelt werden kann. Diese Fettsäuren erfordern ebenfalls spezielle Enzyme, um die Endprodukte in den Stoffwechsel einzuschleusen, aber sie haben nicht das gleiche Problem mit Cis-Bindungen wie ungesättigte Fettsäuren. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass die Cis-Bindung die Effizienz der Beta-Oxidation von ungesättigten Fettsäuren beeinträchtigt, während ungerade Fettsäuren andere metabolische Wege nutzen, die nicht direkt von der Konfiguration der Doppelbindungen betroffen sind.